Penyakit autoimun timbul dari respon kekebalan
tubuh yang terlalu aktif dari tubuh terhadap zat dan jaringan yang biasanya hadir dalam
tubuh. Dengan kata lain, tubuh justru menyerang sel sendiri.
Ini
dapat dibatasi pada organ tertentu (misalnya dalam tiroiditis) atau
melibatkan jaringan tertentu di tempat yang berbeda (misalnya penyakit
Goodpasture yang dapat mempengaruhi membran basal baik di paru-paru dan
ginjal). Pengobatan penyakit autoimun biasanya dengan imunosupresi-obat
yang menurunkan respon kekebalan tubuh.
Ada sebuah diskusi yang
sedang berlangsung tentang kapan penyakit harus dipertimbangkan
autoimun, yang mengarah ke kriteria yang berbeda seperti postulat Witebsky.
Penyebabnya mungkin termasuk mimikri molekul, atau
kehadiran sel-sel janin dalam aliran darah ibu, yaitu microchimerism,
dan infeksi dengan beberapa virus dan bakteri.